Подключаемся к ВМ через PuTTY по SSH.
sudo su -
chown -R www:www /var/www # меняем владельца для удобства заливки файлов на сервер
a2enmod ssl # Включаем mod SSL для apache2
service apache2 restart

Генерируем сертификаты от letsencrypt:
cd /tmp
wget https://dl.eff.org/certbot-auto
chmod a+x certbot-auto
./certbot-auto certonly --webroot -w /var/www/html/ -d mybestlist.space -d www.mybestlist.space

В файл /etc/apache2/sites-enabled/000-default.conf добавляем блок для SSL, в котором указываем пути к созданным сертификатам:
VirtualHost *:443
DocumentRoot /var/www/html
SSLEngine on
SSLCertificateFile /etc/letsencrypt/live/mybestlist.space/cert.pem
SSLCertificateKeyFile /etc/letsencrypt/live/mybestlist.space/privkey.pem
/VirtualHost

service apache2 restart # Перезапускаем веб-сервер
Проверяем доступность сайта по https://mybestlist.space/ (к этому моменту нужно, чтобы пропагация DNS была завершена)
В дальнейшем можно донастроить веб-сервер (отдельные папки для каждого проекта, сертификаты, пути к логам и т.д.)
Бесплатные сертификаты выдаются на 3 месяца, по истечении которых их можно продлевать с помощью команды ./certbot-auto renew.